上面讲的黄芩和黄连以地平面为分界线的清热意义，它的作用方向为“地之上”和“地之下的关系”。那么黄芩能不能清“地之下”的热？黄连又能不能清“地之上”的热？答案是，二者都可以。
黄芩中心空虚，肉孔隙多，表皮松散，热气散发快，所以能清体表之热。黄连中心较空虚，肉孔隙较多，表皮较松散，热气散发较快，所以能清体表之里热。黄芩清浮热能力强于黄连，黄连清表热能力强黄芩，二者皆中心空虚，所以吃多厚皆可以寒中。因为在表皮打开气孔散热的同时，寒气也可以趁机而入。采摘的时令过早，植物本身气偏盛，孔隙密故寒中少，因此反而清热差。
下面开始讲本草经中黄芩的临床功效。上篇讲黄芩能够作用的层次为地平线，在人体对应的为六腑中的胆，所以它能够给胆散降热气和水分，以达到清胆热的目的。
我们知道，胆中存储的为“胆汁”，一旦胆汁不能进入胃肠参与消化道进行分解实物之时，就会“逆”流，这个时候会流入肝脏的血脉之中，随着肝血循环入全身血脉，于是乎便形成了“黄疸”，所以清胆热并让胃气下行，是治疗黄疸病的病机原理，清胆热为治其标，引胃气下行为治其本。这就是本草经中说的黄芩能治“黄疸”根本所在。
“肠澼泄利，逐水”是指的我们现代医学上痢疾拉肚子，其根本原因为湿热停留肠胃之中不能够散发出去，而一直留在身体中我们的身体就会将其视为没有的废物排泄出体外，于是便形成了水泻之便。“恶疮疽蚀”“一名腐肠”是这个热停留在肠胃中的时间过久之后，肠壁粘膜被热灼伤之后出现的炎症状态。
如果这个热不能被身体通过下利排出体外，那么变会通过“舍近求远”的孔窍拍出，这个上面的孔窍对于黄芩来说便是“目窍”，所以热气通过胃进入食道，上升到了顶端的目窍之后，开始灼烧眼部的“巩膜”，持久不散就会出现“巩膜炎”，本草经中称这种现象为“火疡”。
因为肠道中的炎症会出现局部渗血，也就是肠炎的形成，通过黄芩的中和力量后，能够让其热凝固并且通过大便排出体外，所以本草经中称为“下血闭”。
以上诸多症状中的种种病因，全部由“热气”不能散出所致，所以整体上来看黄芩这味药本草经称为“主治诸热”。这便是黄芩背后的秘密所在，因为它善于散发肠道体表的热量，所以也可以称作为肠道甚至人体所有管道至体表的“大门”。
比如经常久坐，大便干涩不正常的小伙伴，眼睛往往会出现红丝，所以放胆用黄芩并加强通便，就会好了。再比如经常过敏的人，就会得慢性肠炎，这时候清热用黄芩很好，黄芩又被视作“安胎圣药”，副作用相比较而言小的多，明白了原理，我们的用药就是无比精准的。当我们能够把所有问题全部都能够串联起来，并一一解释通的时候，就会越觉的古圣先贤越发伟大。
